Marek Biernacki został wybrany na posła Sejmu Rzeczpospolitej Polskiej V Kadencji w dniu 25 września 2005. Startując z ramienia Platformy Obywatelskiej z 26 okręgu wyborczego w Gdyni zdobył 41336 głosów.
W wyborach 21 października 2007 r. Marek Biernacki zdobył 84157 głosów. Podobnie jak dwa lata wcześniej startował z pierwszego miejsca listy Platformy Obywatelskiej w okregu 26. Głosami wyborców został posłem Sejmu Rzeczpospolitej Polskiej VI Kadencji.
9 października 2011 r. Marek Biernacki został wybrany posłem Sejmu Rzeczpospolitej Polskiej VII Kadencji. Startując z 26 okręgu wyborczego w Gdyni zdobył 66019 głosów.